প্রাচীনকাল থেকেই বাংলাদেশের সাংস্কৃতিক রাজধানী হিসেবে কুষ্টিয়ার অবিসংবাদিত খ্যাতি রয়েছে। তবে ‘কুষ্টিয়া’ নামটি কীভাবে এলো তা নিয়ে ঐতিহাসিকদের মধ্যে মতভেদ রয়েছে। হ্যামিল্টনের গেজেটিয়ার সংস্থানগুলিতে সর্বাধিক সমর্থিত দৃশ্য পাওয়া যাবে। অর্থাৎ একটা সময় ছিল যখন কুষ্টিয়ায় প্রচুর পরিমাণে পাট উৎপাদিত হতো। পাটকে স্থানীয় ভাষায় ‘কোষ্ট’ বা ‘কুষ্টি’ বলা হত, যেখান থেকে কুষ্টিয়া নামটি এসেছে। কারো কারো মতে, কুষ্টিয়া নামটি ফার্সি শব্দ ‘কুশতহ’ থেকে এসেছে যার অর্থ ছাই দ্বীপ। সম্রাট শাহজাহানের আমলে কুষ্টিয়া শহরের উৎপত্তিস্থল কুষ্টি বন্দরকে কেন্দ্র করে বলেও একটি মত রয়েছে।
১৮৬৯ সালে কুষ্টিয়ায় একটি পৌরসভা প্রতিষ্ঠিত হয়। হ্যামিল্টনের গেজেটে প্রথমে কুষ্টিয়া শহরের কথা উল্লেখ করা হয়েছে। সম্রাট শাহজাহানের আমলে এখানে একটি নদীবন্দর নির্মিত হয়েছিল। যদিও বন্দরটি ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি দ্বারা ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়েছিল, তবে নীলকর এবং নীল খনি শ্রমিকদের আগমনের পরই নগরায়ন শুরু হয়েছিল। ১৮৬০ সালে কলকাতা (ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির তৎকালীন রাজধানী) এর সাথে একটি সরাসরি রেলপথ নির্মিত হয়েছিল। তাই এই অঞ্চল শিল্পের জন্য আদর্শ স্থান হিসেবে বিবেচিত হত। যজ্ঞেশ্বর ইঞ্জিনিয়ারিং ওয়ার্কস (১৮৯৬), রেনউইক, যজ্ঞেশ্বর অ্যান্ড কো. (১৯০৪) এবং মোহিনী মিলস (১৯১৯) সেই সময়কালে প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল।