সপ্তদশ শতাব্দীর আগে জয়পুরহাটের কোনো নির্দিষ্ট নাম পাওয়া যায়নি। দীর্ঘকাল এই অঞ্চলটি গৌড়ের পাল ও সেন রাজাদের অধীনে ছিল। সে সময় জয়পুরহাটের স্থানীয় নাম ছিল বাঘাবাড়িহাট। পরে দলিলপত্রে এটি গোপেন্দ্রগঞ্জহাট হিসেবে উল্লেখ করা হয়। কথিত আছে পাল রাজবংশের রাজা জয়পালের নামানুসারে জয়পুরহাটের নামকরণ করা হয়েছিল। উল্লেখ্য, জয়পুরহাটের খঞ্জনপুর থেকে ২কিলোমিটার পশ্চিমে রাজা জয়পালের প্রাসাদের ধ্বংসাবশেষ রয়েছে।
ব্রিটিশ শাসনামলে, খঞ্জনপুর নীলকুঠি কেন্দ্রের অধীনে ব্রিটিশদের কাছ থেকে কর আদায় ও নিরাপত্তার জন্য যমুনার তীরে লালবাজারে একটি থানা স্থাপিত হয়। এই পুরাতন নাপাইল থানা বর্তমান জয়পুর সদরের পশ্চিমে যমুনা নদীর তীরে অবস্থিত ছিল। বর্তমানে নাম করিমনগর। করিমনগর প্রাথমিক বিদ্যালয়ের কাছে যমুনানী ঘাটকে এখনও থানা ঘাট বলা হয়। লালবাজার ডাকঘর দক্ষিণ দিকে স্থাপিত হয়। সে সময় লালবাজার থানার খঞ্জনপুরে ব্রিটিশদের একটি কুঠিবাড়ি ছিল। কুঠিবাড়ির সুপারভাইজার পলিবাড়ি, খঞ্জনপুর, পুরানপাইল ও পাঁচবিবি এলাকার নীলকুঠিগুলো তদারকি করেন। লালবাজার থানার সাথে যমুনানী নদী ছিল প্রধান যোগাযোগের পথ। সে সময় লালাবাজার, ক্ষেত্রলাল ও বদলগাছী থানা দিনাজপুর জেলার অন্তর্গত ছিল।